Les S.T.A.R.S, groupe d'intervention, est appelé à se rendre à Arklay Mountains où des meurtres plus sanguinaires les uns que les autres ont été commis. Sur place les soldats sont rapidement confrontés à des créatures monstrueuses, résultat des expériences illégales de la compagnie pharmaceutique Umbrella Corporation. Contraints de fuir, les soldats se réfugient dans un bâtiment soi-disant abandonné, propriété d'Umbrella Corporation portant le nom de Manoir Spencer. Mais le Manoir Spencer n'est pas un lieu sûr et les monstres y vivant ne tardent pas à s'en prendre aux S.T.A.R.S. Devant ces terrifiantes créatures, plusieurs S.T.A.R.S perdent la vie. Les six survivants quittent donc le Manoir Spencer de justesse, quelques minutes avant l'explosion du bâtiment, qui réduira en cendres les preuves qui mêlent Umbrella à cette sombre affaire. Les survivants tenteront de faire éclater la vérité sur Umbrella Corporation et ses expériences, mais l'affaire est rapidement étouffée et les S.T.A.R.S sont donc contraints de quitter la ville.
Deux mois plus tard, les habitants de Raccoon City se trouvent au centre d'une épidémie mortelle.
Épidémie qui transforme les morts en zombies. En moins d'une semaine, la population est décimée, et les survivants tentent tant bien que mal de rester en vie. Devant ce nouvel incident, Umbrella Corporation et ses dirigeants savent qu'ils ne s'en sortiront pas aussi facilement que la dernière fois, ils décident donc de faire disparaître toutes traces de l'épidémie à Raccoon City en lançant un missile nucléaire. Le 1er Octobre 1998, soit huit jours après le début de l'épidémie qui toucha les habitants de Raccoon City, la ville est rayée de la carte à la suite de l'explosion d'un missile nucléaire. Quelques jours plus tard, on déclare que c'est l'explosion d'un des réacteurs de la centrale de Raccoon City qui en est l'incident, mais les rares survivants savent que ce n'est pas la vérité et que ce n'est qu'un mensonge de plus dans le tas de la compagnie Umbrella.
Tandis que la compagnie pharmaceutique traque les survivants de Raccoon City et les S.T.A.R.S survivants.
L'Organisation, une société rival d'Umbrella Corporation et qui cherche depuis toujours à s'emparer des recherches de cette dernière, bombarde l'île de Rockfort Island où les héritiers d'un des fondateurs de la compagnie pharmaceutique vivent. Sur place, Claire Redfield cherche des indices qui lui permettrait de savoir où son frère se trouve. Elle arrivera finalement à le retrouver, dans une base en Antarctique. Après ce nouveau combat, le frère et la sœur retournent à Los Angeles, où se trouvent les S.T.A.R.S encore en vie, ainsi que les rares survivants de Raccoon City. Ensemble, ils forment un groupe Anti-Umbrella qui cherchent par tous les moyens de faire couler la compagnie pharmaceutique.
Nous sommes à présent en 2001, soit trois ans après l'incident de Raccoon City et celui du Manoir Spencer.
Le groupe dirigé par Chris Redfield a découvert que la ville de Evans City cache dans ses souterrains un laboratoire secret appartenant à Umbrella. Selon l'informateur de Chris, un disque dur renfermant tous les secrets d'Umbrella se trouverait dans ce laboratoire. C'est une chance à ne surtout pas louper, sans perdre plus de temps, Chris et plusieurs membres de son équipe se rendent à Evans City dans l'espoir d'y trouver le disque dur si précieux. D'un autre côté, les dirigeants de l'Organisation décident de se rendre eux aussi dans la petite ville d'Evans City. Pour cette mission, ils font confiance à l'ancien capitaine des S.T.A.R.S, Albert Wesker.
Deux semaines plus tard... Evans City n'est plus le havre de paix que ses habitants connaissaient.
Le 29 Août 2001, Chris et ses équipiers arrivent en ville, là-bas, ils découvrent qu'un incident mystérieux survenu dans le laboratoire secret d'Umbrella a causé une catastrophe terrible au sein du laboratoire et de la ville d'Evans City, elle-même. Deux jours plus tard, les habitants ont laissé place aux morts-vivants, et les rares survivants encore en vie cherchent désormais à quitter la ville, mais ce n'est pas si simple et les hommes d'Umbrella surveillent toutes les entrées et sorties de la ville, empêchant ainsi les survivants d'en sortir. Chris et son équipe cherchent toujours à retrouver la base ainsi que son disque dur, mais l'apparition des morts-vivants et la rivalité avec les agents de l'Organisation compliquent nettement les choses. Ceci n'est plus une simple mission d'infiltration, c'est désormais une mission de survie.
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